כחלק מהתהליך של תכנית השימור, הקימה עיריית תל־אביב-יפו שתי קרנות שנועדו לסייע לבעלי המבנים במימון הפרויקטים. הקמת קרן שימור הממומנת על ידי העירייה, מהווה עוגן מרכזי במכלול הכלים ליישומה בפועל של תכנית השימור, ומהווה הוכחה מוחשית למחויבות העירונית למפעל השימור. במקביל, מצאה העירייה לנכון להפעיל קרן הסכמי שימור המיועדת לתמוך בבעלי מבנים לשימור בהגבלות מחמירות המתקשים בביצוע השימור. אלו המאפיינים העיקריים של שתי הקרנות: