מרכז הרישוי יעביר את טיוטת ההיתר לאגף הכנסות מבנייה שייחשב את הסכומים שיש לשלם בהתאם לשטחים המבוקשים. הסכומים כוללים בין היתר אגרות בנייה, היטל השבחה והיטלי פיתוח – הכול לפי הבקשה הספציפית.
בדיקה ועריכת חשבון נמשכת כשבועיים. הודעת התשלום תישלח למבקש ההיתר ולעורך הבקשה. רק כאשר מבקש ההיתר ישלם את מלוא האגרות, אפשר לחתום על ההיתר.